Als 1934 in einer Kiesgrube in Benningen die Überreste eines Urelefanten entdeckt wurden, hatten die Forscher die erste Kunde aus der Tierwelt vor rund 800.000 Jahren in Händen. Wann allerdings die ersten Menschen im Unterallgäu lebten, das kann niemand so genau sagen. Fest steht jedoch, dass der heutige bayerische Raum schon während des Eiszeitalters, abgesehen vom sehr oft gletscherbedeckten Voralpenland, ein wichtiges Durchgangsland war – eine Brücke zwischen den altsteinzeitlichen Siedlungsräumen Süd- und Westfrankreichs, Niederösterreichs und Mährens.

Aus der Steinzeit, also aus der Zeit bis etwa 1800 v. Chr., wurden im Landkreis zahlreiche Einzelfunde geborgen. Regelrechte Siedlungen aus dieser Zeit konnte man jedoch nicht feststellen. Erst mit den Römern durchzogen dann feste Straßen das Land, es wurden – wie verschiedene Funde belegen – auch in der Region Gutshöfe aus Stein gebaut und kleine Siedlungen angelegt.

Auf die Römer folgte der Stamm, der bis heute geblieben ist: Die Alamannen oder Schwaben. Als Urorte der alamannischen Besiedelung gelten die „-ingen“-Orte. Diese dürften in der Zeit von 300 bis 550 n. Chr. entstanden sein. Zwischen 500 und 800 n. Chr. wurden die Orte mit der Nachsilbe „-hofen“ gegründet, zwischen 800 und 1200 n. Chr. jene mit den Nachsilben „-au“, „-bach“, „-berg“, „-hausen“ und „-wang“. Die Gründung der „-heim“-Orte ist siedlungsgeschichtlich noch nicht ganz geklärt; zum Teil zählen sie auch zu den ältesten Siedlungen.

Nach Jahrhunderten, in denen vor allem verschiedene Reichsstifte und Stiftungen wie die Reichsabtei Ottobeuren oder auch das Haus Fugger die Herrschaft über die Orte im heutigen Kreisgebiet innehatten, änderten sich die Verhältnisse erst durch die Säkularisation im Jahr 1803, durch die die kirchlichen Besitztümer in weltliche Zugehörigkeit übergingen, grundlegend. Es entstanden die Landgerichte und Rentämter.

Durch die Mediatisierung (1806) verloren die bis dahin reichsunmittelbaren Reichsstädte und Standesherrschaften im neuen Königreich Bayern ihre Hoheitsbefugnisse. Dem Adel verblieb noch bis zum Jahr 1848 die niedere Gerichtsbarkeit. 1852 wurden Distriktsgemeinden gebildet, die als Vorläufer der heutigen Landkreise gelten.

1862 kam es schließlich zur vollständigen Trennung von Rechtsprechung und Verwaltung: Die Bezirksämter wurden geschaffen. Schließlich erfolgte 1920 die Zusammenfassung der Distriktsgemeinden zu Bezirken. 1939 wurden die Bezirke in Landkreise und die Bezirksämter in Landratsämter umbenannt.

Der Landkreis Unterallgäu entstand schließlich bei der Neugliederung Bayerns in Landkreise und kreisfreie Städte zum 1. Juli 1972 – damals allerdings noch mit 110 Gemeinden. Erst die Gemeindegebietsreform, die am 1. Mai 1978 beendet war, verringerte die Zahl der Gemeinden auf 52. Acht Gemeinden sind so genannte Einheitsgemeinden, 44 gehören einer der elf Verwaltungsgemeinschaften an.

Das Wappen des Landkreises verdeutlicht die früheren Herrschaftsverhältnisse in der Region: Im südlichen Teil des Unterallgäus dominierte über Jahrhunderte die alte Reichsabtei Ottobeuren. Daran erinnert die goldene Rosette auf schwarzem Grund im linken Teil des Wappens. Auch das Haus Fugger mit seinen Zentren Kirchheim und Babenhausen prägte die Kreisgeschichte stark. Repräsentiert wird es durch die blaue Fuggersche Lilie auf goldenem Grund in der rechten Hälfte. Zudem standen die Herrschaften Mindelheim und Türkheim seit dem 17. Jahrhundert in enger Beziehung zu Bayern. Diesen Gedanken wiederum greifen die bayerischen Rauten auf, die gleichzeitig die bayerische Verwaltung in Schwaben seit dem frühen 19. Jahrhundert versinnbildlichen.